Кирпичное здание было построено в 1826 г. на средства помещика полковника Михаила Смирнова. Оно заменило старую деревянную церковь, возникшую не позже 1760-х годов.
Храм имел два придела: во имя Покрова Пресвятой Богородицы и во имя святителя и чудотворца Николая. В 1865 и 1893 годах внутри обновлялся иконостас. Неподалеку от церкви располагались две часовни - кирпичная на месте старого храма и деревянная на кладбище.
Село Богданово, ранее известное как Городня, стало проявлять склонность к исчезновению еще до революции. В 1850-е годы в нем проживало чуть больше 100 человек, а в начале XX века остался всего один двор и 10 жителей. Очевидно, Богданово фактически превратилось в то, что тогда называли погостом – поселение, состоявшее только из церкви, кладбища и домов для духовенства. Причины такой деградации села неизвестны, но несмотря на это, его приход был весьма обширен и вмещал в себя деревни Бабинку, Кондуки, Красницы, Пестово, Поваляевку, Покровку, Романцево, Федоровку, Хрущево и Ясенки - итого 2616 жителей. Приходский причт состоял из одного священника и одного псаломщика.
В настоящее время церковь полностью разрушена. Давно нет и села Богданово, от которого осталось только кладбище. В зарослях деревьев на юго-западной границе кладбища еще можно найти остатки кирпичной кладки, вероятно принадлежавшей церковным строениям или ограде.