И.А.Стебут родился 12 февраля 1833 года в Великих Луках Псковской губернии. Его отец учился в Петербурге в медико-хирургической академии, получил звание провизора, открыл в Петербурге свою аптеку. У отца от двух браков было 14 детей. В 1843 году И.А.Стебут в Петербурге поступил в гимназию, окончил ее с правом поступления в университет, но им не воспользовался, чем удивил всех своих учителей, а поступил в Горыгорецкий институт в Могилевской губернии, открытый в 1848 году.

Это совпало с желанием отца, который очень любил сельское хозяйство. Горыгорецкий институт был первым в России высшим сельскохозяйственным учебным заведением. До этого существовало всего несколько школ. В 1864 году этот институт был преобразован в Петербургский земледельческий институт, а в 1877 году - в лесной институт. К 1865 году институт окончило 566 человек, в числе которых были будущие профессора учебных заведений И.А.Стебут, А.В.Советов, А.П.Людоговский, М.В.Неручев, А.М,.Баженов, и др. В Горках на месте Горыгорецкого института и школы сейчас действует Белорусскаясельскохозяйственная академия. В институте Стебут пробыл четыре года - с 1850 по 1854 , окончил его с серебряной медалью и был оставлен при интитуте для работы на ферме.

Работа была исключительно трудная, вставал в четыре утра, ложился спать поздно ночью, готовил для поступления в институт молодых людей.

Стебут пишет: "Надобно заметить, что я всегда любил преподавательскую деятельность и еще в бытность мою в гимназии много занимался с товарищами. Будучи студентом, давал частные уроки. Меня в шутку называли "профессором". В 1853 году, будучи студентом 3 курса, Стебут с группой студентов во главе с профессором объехал 17 южных губерний для изучения садоводческой отрасли.

В 1865 году Министерство государственных имуществ (земледелия) командировало Стебута в Прибалтику для изучения сельского хозяйства. Там он посетил многие передовые хозяйства, описал природные условия, севообороты, скотоводство, приемы обработки почвы, луговодство, плодоводство, крестьянский быт. По окончании командировки Стебут написал отчет, за который был награжден серебряной медалью.

Стебут был во многих командировках, хорошо изучил сельское хозяйство России. После командировки в Могилёвскую губернию он представил

в Министерство госимуществ (земледелия) докладную записку, в которой указывал на пользу губернских агрономов, которых до этого в России не было. Весной 1856 года Стебута направили на три года в заграничную командировку для подготовки к преподаванию на кафедре земледелия. Стажировку за границей Стебут осуществлял в университетах, лабораториях, хозяйствах Германии, Бельгии, Голландии, Англии, Шотландии, Франции. Там он пешком путешествовал по стране, посещал имения хозяйства, графства, выставки, бывал на лекциях крупных учёных, работал в их лабораториях, изучал огородное дело, закупал для Петербургского музея оборудование, лошадей арденской породы для заводов.

В конце октября 1860 года возвратился в Петербург, где был назначен младшим профессором Горыгорецкого института. В нем читал лекции по полеводству, лесоводству, вёл семинары, собрал коллекции пособий для кабинетов.

В 1862 году Стебута командируют в Лондон на Всемирную выставку, где он закупил много экспонатов для сельскохозяйственного музея в Петербурге. В феврале 1864 года в Петербурге Стебут сдает магистерский экзамен. В 1863 году в Горыгорецком институте произошел пожар, поджог совершили польские мятежники, их поддержали студенты - поляки. Была создана следственная комиссия, в которую был включен и Стебут. За время следствия Стебут защищал и добился оправдания преподавателей и студентов, которые не были участниками поджога. Осенью 1846 года он закончил диссертацию на тему "Известковые почвы". Диссертация советом университета была одобрена и напечатана. В мае 1865 года он приехал в Смелу - главное имение основателя свеклосахарного дела А.А.Бобринского. Смелянская экономия представляла большое хозяйство, где под сахарной свеклой было десять процентов посевной площади.

Главным управляющим этого имения был Б.А.Михельсон, на дочери которого женился И.А.Стебут. После свадьбы он уехал в Петербург, где защитил диссертацию. При её защите были известные учёные А.В.Советов и Д.И.Менделеев. Позже о диссертации И.А.Стебута Менделеев в отчете говорил: "Всем известно русское сочинение И.А.Стебута об "Известковании почвы", где рассматривается вопрос с надлежащею полнотою, на которую мне нельзя и решиться в этом кратком отчете. Относительно извести мне почти нечего здесь прибавить к тому, что писал И.А.Стебут". Это мнение гениального Д.И.Менделеева.

21 ноября по старому стилю 1865 года была открыта Петровская сельскохозяйственная академия, в которой с 1865 по 1894 год сначала профессором, а по выслуге лет преподавателем работал Стебут. Здесь он впервые организовал опытное поле, где студенты вели опыты с удобрениями, парами, обработкой почвы, севооборотами. Был организован коллекционный питомник, изучали сорную растительность, злаки, машины, орудия и др. Попытка организовать студенческий семинар по образцу Горыгорецкого института не увенчалась успехом по политическим соображениям (боязнь неорганизованного студенчества).

Семинар был заменён беседами, которые, по словам учеников Стебута, оставляли неизгладимое впечатление. Беседы расширяли кругозор, будили сознание, стремление к лучшему. В 1867 году Стебут, работая в Академии, одновременно был избран членом Московского общества сельского хозяйства. Работая в этом обществе, выступал за увеличение числа низших, средних сельскохозяйственных училищ и улучшение в них преподавания, горячо выступал за сохранение лесов насаждение лесных изгородей для защиты от суховеев. Он говорил, что это мероприятие должно быть обязательным и входить в натуральную повинность.

В 1869 году он организовал журнал "Русское сельское хозяйство". За большую работу в Московском сельскохозяйственном обществе Стебут был награжден золотой медалью. В Академии Стебут боролся за допуск в неё вольнослушателей, за отмену переходных экзаменов, за разрешение студентам изучать любые предметы по их выбору.

К.А.Тимирязев приветствовал демократические предложения И.А.Стебута. В 1873 году Стебут опубликовал первую часть своего капитального труда "Растения полевой культуры", выступал против посева кукурузы без учета условий местности. В 1874 году Стебут организовал несколько студенческих экскурсий пешком по реке Оке в Серпухов, в Коломну, потом в Тамбовскую, Орловскую, Ярославскую губернии. Цель экскурсий - развитие наблюдательности, критическое отношение к практике сельского хозяйства. В 1874 году по инициативе Стебута была издана настольная справочная книга по сельскому хозяйству. Книга была нужна и полезна, так как отражала теорию и практику русского земледелия. В 1875 году из-за бесконечных интриг в Петровской академии Стебут был вынужден подать заявление об отставке. Отставка была принята, а в 1876 году Стебут вновь получил правительственное приглашение читать лекции по частному земледелию и читал их до 1896 года.

Современники Стебута писали, что он был хорошим лектором, кропотливо готовился к каждой лекции, всегда излагал материал в зависимости от разных условий местности, климата, времени. Его лекции очень ценились и были самые посещаемые. Первую лекцию в 1886 году для студентов 4 курса Стебут начал с цитаты римского поэта Цинцината о том, что нет ничего лучше, приятнее, чем занятие сельским хозяйством, но предостерегал от увлечения этим взглядом и указывал на сложные требования, которые предъявляются агроному. Он должен быть хорошим экономистом, администратором и получить не только агрономическое образование, но и агрономическое воспитание, на чем Стебут особенно настаивал. По его мнению, агроному предстоит тяжелый труд: он должен рано вставать, иногда недосыпать, развить у себя наблюдательность к явлениям природы, быть упорным в борьбе со стихийными явлениями природы и пр. Поэтому тем, кто не чувствует себя склонным к этим условиям, он советовал одновременно избрать другую деятельность. Стебут предостерегал от взгляда на сельское хозяйство, как на идиллию.

В 1878 году Стебут издал несколько крупных работ по сельскому хозяйству, в том числе второй выпуск "Основ полевой культуры", статьи о русском сельском хозяйстве, учебник частного растениеводства о величине хозяйственной единицы. В 1888 году Стебут закончил 25-й курс своих лекций в Петровской академии. Студенты преподнесли ему адрес, а через год Академия торжественно отметила 35-летие его деятельности и практики в высшей школе. На торжественном собрании И.А.Стебут произнес оптимистическую и вдохновенную речь, получил многочисленные приветствия. Студенты собрали 2000 рублей на учреждение премии имени И.А.Стебута за лучшую студенческую работу по сельскому хозяйству. В честь него была выбита медаль с его изображением и надписью.

В декабре 1894 года Стебут последний раз присутствовал на заседании совета Академии, на котором его ученик В.Р.Вильямс защищал магистерскую диссертацию. В совет Академии Стебут не был назначен. Д.И.Прянишников по этому поводу писал о том, что правительству И.А.Стебут был не угоден, "говоривший нам, что частное землевладение - это явление временное, что земля должна перейти в руки трудящихся".

В 90-х годах Стебут уделяет много внимания общественной работе в Тульской губернии. В 1891 году он работал в Ефремовском уезде, где было его имение Кроткое, по помощи голодающим. Он был попечителем Николо-Птанской волости, три года избирался почётным мировым судъёй. Девять лет был гласным уездного и губернского земства, председателем губернской сельскохозяйственной комиссии, где выдвигал вопросы строительства элеваторов, укрепления и облесения оврагов, улучшения дорог.

По его инициативе ещё в 1894 году была учреждена должность губернского агронома. Под предводительством И.А.Стебута в 1895 году проходил первый съезд сельских хозяйств Тульской области, на котором он сделал три доклада. Первый доклад о замене трёхполья многопольем, второй - о лучших машинах и орудиях для сельского хозяйства Тульской губернии, третий об улучшении просёлочных дорог.

При содействии И.А.Стебута в 1898 году открылось Богородицкое отделение среднее сельскохозяйственное училище, попечителем которого был он сам.

В селе Кротком Ефремовского уезда И.А.Стебут построил школу, а в окружающих сёлах организовал несколько бесплатных библиотек. В 1891 году при Московском политехническом музее была организована агрономическая комиссия, которую возглавлял И.А.Стебут. Здесь он организовал выпуск коллективной работы под названием "Сборник систематического чтения по сельскому хозяйству".

В 1891 году Министерство Государственных имуществ было преобразовано в Министерство земледелия. При нём был создан учёный совет, куда вошли выдающиеся учёные. Совет возглавлял И.А.Стебут, которого и в дальнейшем избрали почётным его членом. На этом посту И.А.Стебут больше всего уделял внимания вопросам сельскохозяйственного образования и организации опытных учреждений.

В 1905 году И.А.Стебут написал брошюру, где изложил свои взгляды на разрешение вопроса о земле. Много статей, книг Стебут посвятил низшему, среднему и высшему сельскохозяйственному образованию.

С 1889 по 1910 год Стебут издал 29 книг, статей, речей по вопросам сельского хозяйства. В 1908 году в Петербурге состоялось торжественное чествование И.А. Стебута в связи с 50-летием его деятельности. Его бывшие ученики, ставшие теперь выдающимися учёными, к юбилею выпустили сборник статей под заглавием "Современные вопросы сельского хозяйства". В сборнике участвовали П.И. Броунов, В.В. Винер, Г.Н. Высоцкий, И.И. Клингер, Д,Н. Прянишников, Н.А. Скалозубов, Г.И. Танфилеев, А.Ф. Фортунатов и др. Статьи в основном были посвящены идее И.А. Стебута о порайонном ведении сельского хозяйства.